Um Certificado Auto-Assinado tem criptografia menor ou inferior aos Certificados emitidos por uma CA?
Não. Os certificados auto-assinados usam exatamente o mesmo algorítimo público (RSA), e têm exatamente a mesma largura de chave (2048 bits). Enfim do ponto de vista criptográfico eles têm exatamente o mesmo grau de segurança.
Isto significa que se as informações que você troca com o site forem interceptadas, o grau de complexidade para decodificar as informações será exatamente o mesmo que existiria em um certificado comprado de uma CA.